. Vue d'ensemble .



Si vous êtes intéressé à faire une maîtrise ou un doctorat en statistique à l'UQAM en effectuant une recherche en statistique génétique, n'hésitez pas à me contacter, des projets de recherche sont disponibles. Notez que les projets demandent souvent une base d'informatique (nous utilisons souvent le C++ ou le langage Python) et un intérêt minimal pour la programmation. Je vous invite à consulter la section Recherche pour plus d'informations sur mon programme de recherche.

Des projets de M.Sc. profil recherche sont disponibles, projets reliés à la cartographie génétique et/ou au processus de coalescence. De plus, des projets avec stage dans le monde de la génétique médicale peuvent être possibles. Une place est également disponible pour un candidat au Ph.D. en Statistique.

Cette section est un support aux étudiants: j'y mentionne des outils et liens qui sont intéressants, utiles ou indispensables (sous menu à gauche). Vous pouvez aussi voir ce que mes anciens étudiants ont fait dans le cadre de leur recherche (bouton ) et ce qu'ils sont devenus après leur études à l'UQAM.

. Étudiants . Stagiaires . Anciens etudiants . Anciens stagiaires .




. étudiants .



Renaud Alie Renaud Alie (boursier CRSNG et FRQNT)
M.Sc. en Statistique
Processus de coalescence construit sur des pédigrés.
En co-direction avec Sorana Froda.

Son travail a fait l'objet de deux communications:

  • R. Alie, S. Froda and F. Larribe.
    Extending the Coalescent to Include Pedigree Data.
    Congrès annuel de la Société Statistique du Canada, Montréal, 4-6 juin 2018.


  • R. Alie, S. Froda and F. Larribe.
    Construction of coalescent trees on partially fixed pedigrees.
    New Statistical Methods for Family-Based Sequencing Studies, Banff International Research Station, 5-10 août 2018.




Patrick face Patrick Fournier
M.Sc. en Statistique
Cartographie génétique par des graphes de recombinaisons ancestraux construits séquentiellement.

Son travail a fait l'objet de trois communications:

  • P. Fournier and F. Larribe.
    Gene Mapping Using Sequentially Constructed Ancestral Recombination Graphs. Congrès annuel de la Société Statistique du Canada, Montréal, 4-6 juin 2018.


  • P. Fournier.
    MoonShineR: Gene Mapping Based on the Ancestral Recombination Graph.
    R à Montréal 2018, 4-6 juillet 2018.


  • P. Fournier and F. Larribe.
    A New Proposal Distribution for Gene Mapping via ARGs.
    New Statistical Methods for Family-Based Sequencing Studies, Banff International Research Station, 5-10 août 2018.




Na yang Na Yang
M.Sc. Statistique
Imputation de génotypes et analyse d’association: comparaison de méthodes.









. anciens étudiants .



Eric M Éric Marcotte
M.Sc. en Mathématiques Informatique[2018]
Nouvelle approche computationnelle pour la génération de graphes de recombinaisons ancestraux comportant un grand nombre de marqueurs génétiques.

Je cosupervisais Éric avec Louise Laforest, du département d'informatique.


Myriam Ziou Myriam Ziou
M.Sc. Statistique [2016]
Cartographie de caractères polygéniques par le processus de coalescence.



Myriam est partie travailler pour la société Quintiles.


Abdelhakim Ferradji Abdelhakim Ferradji
M.Sc. Statistique [2016]
Goliate : un nouveau test d'association génétique combinant le processus de coalescence et les modèles linéaires mixtes.



J'ai cosupervisé Abdelhakim, c'était K. Oualkacha qui était le directeur.



Sadoune Sadoune Ait Kaci Azzou
Doctorat en Statistique [2016]
Modélisation de l'évolution des virus recombinants par le processus de coalescence.



En collaboration avec S. Froda, de l'équipe de recherche EMOSTA. Une partie de son travail a fait l'objet des articles suivants:

  • S. Ait Kaci Azzou, F. Larribe and S. Froda.
    A new method for estimating the demographic history from DNA sequences: an importance sampling approach.
    Frontiers in Genetics: Evolutionnary and Population Genetics 2015: 6(259).


  • S. Ait Kaci Azzou, F. Larribe and S. Froda.
    Inferring the demographic history from DNA sequences: an importance sampling approach based on non-homogenous processes.
    Theoretical Population Biology, Volume 111, October 2016, Pages 16–27.


Sadoune est parti ensuite faire un stage postdoctoral à l'institut Pasteur, à Paris.


Cédric Beaulac Cédric Beaulac (boursier CRSNG, boursier FRQNT).
M.Sc. Statistique [2015]
Intelligence artificielle avec apprentissage automatique pour l’estimation de la position d’un agent mobile en utilisant les modèles de markov cachés.



Cédric fait maintenant un doctorat à l'université de Toronto sous la direction de Jeffrey Rosenthal. Sa recherche avec nous a mené à la publication suivante:

  • C. Beaulac and F. Larribe.
    Narrow artificial intelligence with machine learning for real time estimation of a mobile agent's location using Hidden Markov Models.
    International Journal of Computer Games Technology. Volume 2017 (February 2017), Article ID 4939261.

  • Pour suivre le parcours de Cédric, c'est ici son site Web !



oscar Oscar Ortiz
M.Sc. Statistique [2015]
Clustering of flow cytometry data.



En collaboration avec Celia Greenwood, de l'institut de recherches médicales Lady Davis et du département de Biostatistiques de l'université McGill.


Mathieu Dupont Mathieu Dupont
M.Sc. Statistique [2012]
Cartographie génétique fine de diploïdes dans le cadre de phénocopie et de pénétrance incomplète



Après sa maitrise avec nous, Mathieu est parti faire un doctorat en bioinformatique à l'Université de Montréal, sous la direction de François Major. Une partie de son travail avec nous a fait l'objet de cinq communications:

  • M. Dupont, M.H. Descary, G. Boucher and F. Larribe.
    New insights on the genetic fine mapping of a non-Mendelian trait through the coalescent process with recombination. Computational Statistical Methods for Genommics and Systems Biology - Méthodes statistiques computationnelles en génomique et en biologie systémique. Montréal, 18-22 Avril 2011.

  • M. Dupont, G. Boucher, M.H. Descary, and F. Larribe.
    New developments on the genetic fine mapping of a non-Mendelian trait through the coalescent process with recombination.
    The 12th International Congress of Human Genetics & the American Society of Human Genetics 61th Annual Meeting. Montréal, October 11-15, 2011.

  • M. Dupont, G. Boucher and F. Larribe.
    Estimation of mutation carriers and model of penetrance in a genetic fine mapping method.
    Canadian Human and Statistical Genetics Meeting, Niagara-on-the-Lake, April 29 – May 2, 2012.

    ★ Prix du meilleur poster statistique génétique du congrès ★

  • F. Larribe, M.J. Dupont and G. Boucher.
    Simultaneous inference of haplotypes and alleles at a causal gene.
    Statiscal genetics and methodology, Volume 6, Article 291, October 2015.

  • M.J. Dupont.
    Drawing heatmaps from scratch with R: example and variation.
    R à Montréal 2018, 4-6 juillet 2018.




marie-Hélène Descary Marie-Hélène Descary (boursière CRSNG)
M.Sc. Statistique [2012]
Cartographie génétique fine prospective



Marie-Hélène poursuit des études doctorales à l'école Polytechnique de Lausanne sous la direction de Victor Panaretos, qui dirige la chaire de statistique mathématique de l'Institut de Mathématiques. Durant ses études parmi nous, Marie-Hélène a participé et/ou a présenté ces communications:

  • M. Dupont, M.H. Descary, G. Boucher and F. Larribe.
    New insights on the genetic fine mapping of a non-Mendelian trait through the coalescent process with recombination. Computational Statistical Methods for Genommics and Systems Biology - Méthodes statistiques computationnelles en génomique et en biologie systémique. Montréal, 18-22 Avril 2011.

  • M. Dupont, G. Boucher, M.H. Descary, and F. Larribe.
    New developments on the genetic fine mapping of a non-Mendelian trait through the coalescent process with recombination.
    The 12th International Congress of Human Genetics & the American Society of Human Genetics 61th Annual Meeting. Montréal, October 11-15, 2011.

  • M.H. Descary and F. Larribe.
    DMap: a New Method to Fine Map a Complex Trait via the Ancestral Recombination Graph
    Canadian Human and Statistical Genetics Meeting, Niagara-on-the-Lake, April 29 – May 2, 2012.

Marie-Hélène est maintenant professeure au département de Mathématiques.



Myriam Fillion (boursière IRSC)
Ph.D. Environnement (sous la direction de D.Mergler)[2011]
Myriam a poursuivie ses études par post-doctorat à l'Université d'Ottawa. Parmi les articles découlant de son travail:

  • Visual acuity in fish-consumers of the Brazilian Amazon : Risks and benefits from local diet", M. Fillion, M. Lemire, A. Philibert, B. Frenette, H.A. Weiler, J.R. DeGuire, J.R.D. Guimaraes, F. Larribe, F. Barbosa et D. Mergler, Public Health Nutrition (2011: 14(12), 2236-2244.).

  • Toxic risks and nutritional benefits of traditional diet on near visual contrast sensitivity and color vision in the Brazilian Amazon , M. Fillion, M. Lemire, A. Philibert, B. Frenette, H. Alberta Weiler, J. R.t Deguire, J.R. Davée Guimarães, F. Larribe, F. Barbosa Jr et D. Mergler à paraître dans Neurotoxicology.


Marie Forest Marie Forest (boursière FQRNT)
M.Sc. Statistique [2010]
Cartographie génétique d'interactions génétiques.



Marie a poursuivie ses études au doctorat dans le département de Statistique de l'Université d'Oxford; elle a obtenue la bourse Clarendon pour ses études doctorales. Son travail a fait l'objet de quatre communications:

  • M. Forest, F. Larribe et D. Amyot. Adaptation of a fine genetic mapping method using the ARG to polygenic traits. Fifth Annual Canadian Genetic Epidemiology And Statistical Genetics Meeting. Toronto, 14 au 16 avril 2010.

  • M. Forest, F. Larribe et D. Amyot. Cartographie génétique de caractère polygénique. ACFAS, Montréal, 12 mai 2010.

  • M. Forest. Utilisation du processus de coalescence avec recombinaison pour la cartographie de caractères polygéniques. GERAD, Montréal, 20 mai 2010.

  • M. Forest et F. Larribe. Fine Genetic Mapping of Polygenic Traits by the Coalescent Process with Recombination / Cartographe génétique fine de caractères polygéniques par le processus de coalescence avec recombinaison. 38ème congrès annuel de la Société statistique du Canada, du 23 au 26 mai 2010 à l'Université Laval, Québec.


Gabrielle Boucher Gabrielle Boucher (boursière FQRNT et CRSNG)
M.Sc. Statistique [Dépot été 2009]
Intégration de la réalité diploïde et des modèles de pénétrance à une méthode de cartographie génétique fine.



Gabrielle est biostatisticienne, à l'institut de cardiologie de Montréal, dans la laboratoire de génétique et médecine génomique de l'inflammation. Une partie de son travail avec nous a fait l'objet de trois communications:

  • M. Dupont, M.H. Descary, G. Boucher and F. Larribe.
    New insights on the genetic fine mapping of a non-Mendelian trait through the coalescent process with recombination. Computational Statistical Methods for Genommics and Systems Biology - Méthodes statistiques computationnelles en génomique et en biologie systémique. Montréal, 18-22 Avril 2011.

  • M. Dupont, G. Boucher, M.H. Descary, and F. Larribe.
    New developments on the genetic fine mapping of a non-Mendelian trait through the coalescent process with recombination.
    The 12th International Congress of Human Genetics & the American Society of Human Genetics 61th Annual Meeting. Montréal, October 11-15, 2011.

  • F. Larribe, M.J. Dupont and G. Boucher.
    Simultaneous inference of haplotypes and alleles at a causal gene.
    Statiscal genetics and methodology, Volume 6, Article 291, October 2015.


Sarah Vahey
M.Sc. Statistique [2008]
Cartographie génétique, phénocopie et pénétrance incomplète.



Après ses études, Sarah a pris un poste de biostatisticienne chez MDS Pharma, à Montréal.


Djamila Abed
M.Sc. Statistique [2008]
Tests de déséquilibre de liaison et leur application à un gène candidat à l'hyperactivité (en co-direction avec Sorana Froda).

Statistitienne, 4-Epi Network, Center for risk research


Nataliya Dragieva Nataliya Dragieva
M.Sc. Statistique [2008]
Construction d'un intervalle de confiance par la méthode bootstrap et test de permutation



Son travail a fait l'objet d'une communication:

  • N. Dragieva et F. Larribe. Intervalle de confiance et test de permutation dans le contexte de la méthode MapArg. Congrès conjoint de la Société Statistique du Canada et de la Société Française de Statistique, du 25 au 29 mai 2008, Ottawa.



Huges Massé Hugues Massé (boursier CRSNG)
M.Sc. Statistique [2008]
Estimation de vraisemblance quasi-exacte et vraisemblance composite.



Son travail a fait l'objet d'une communication:

  • H. Massé and F. Larribe. Quasi-Exact Estimation in the Coalescent Process. Congrès conjoint de la Société Statistique du Canada et de la Société Française de Statistique, du 25 au 29 mai 2008, Ottawa.

Hugues est professeur de mathématique au collège Bois-de-Boulogne.


Karine Cyrenne Karine Cyrenne; (boursière CRSNG)
M.Sc. Statistique [2005]
Rééchantillonnage de graphes de recombinaison ancestraux: aspects algorithmiques et statistiques.



Ce travail a été fait en co-direction avec Sorana Froda. Karine est maintenant formatrice pour Policy Works. Son travail a fait l'objet de deux communications:

  • K. Cyrenne and F. Larribe. Resampling in the ancestral recombination graph.. XXIIIrd International Biometric Conference. Montréal, July 16-21, 2006.

  • K. Cyrenne and F. Larribe. Resampling in the ancestral recombination graph. First Canadian Genetic Epidemiology And Statistical Genetics Workshop. Toronto, 30 et 31 Mars 2006.


. anciens stagiaires .



Renaud Alie Renaud Alie
B.Sc. Statistique

[Été 2017] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG).
Processus de coalescence construit sur des pédigrés.
En collaboration avec S. Froda.

[Été 2016] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG).
Construction d'une mesure de dépendance sur un mélange de données familiales et de populations.
En collaboration avec S. Froda.




Na yang Na Yang (boursière EMOSTA)
[Été 2016] B.Sc. Statistique
Simulation de graphes de recombinaisons ancestraux par un processus markovien spatial.


Cédric Beaulac Cédric Beaulac; B.Sc. Statistique

[Été 2013] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG).
Modélisation de la généalogie d'un virus et estimation du taux de reproduction.
En collabration avec S. Froda.

[Été 2012] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG)
Modélisation d'un processus de coalescence pour plusieurs populations subdivisées
En collaboration avec R. Ferland).

[Été 2011] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG).
Processus de coalescence pour un échantillon stratifié.


marie-Hélène Descary Marie-Hélène Descary
B.Sc. Mathématique

[Été 2010] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG).
Implémentation d'une nouvelle distribution proposée dans MapArg.

[Été 2009] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG).
Vraisemblance sur des généalogies à des fins de cartographie génétique.

Après un baccalauréat en mathématiques, Marie-Hélène a poursuivie ses études supérieures en statistique dans le même domaine que ses stages (UQAM), puis toujours en statistique mais un domaine différent à l'EPFL.


Gabrielle Boucher Gabrielle Boucher B.Sc. Mathématique

[Été 2006] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG).
Introduction à la reconstruction d'haplotypes par des méthodes statistiques.

Gabrielle a poursuivie ses études à la maitrise en statistique; elle est maintenant biostatisticienne à l'Institut de Cardiologie de Montréal.


émilie Allard Émilie Allard; Étudiante au collégial

[Été 2006] (bourse du collège Bois-de-Boulogne et de la faculté des Sciences de l'UQAM) .
Introduction à une méthode statistique de cartographie génétique fine.

Stage dans le cadre du programme "Sciences en action" du Collège Bois-de-Boulogne.


Marie Forest Marie Forest; B.Sc. Statistique

[Été 2008] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG).
Estimation des paramètres d'un mélange de lois normales.

[Été 2007] (bourse de recherche de 1er cycle du CRSNG).
Modélisation d'un trait quantitatif à des fins de cartographie fine.

[Été 2006] Initiation à la régression logistique.
En collaboration avec Johanne St-Charles et Donna Mergler, du CINBIOSE)

Par la suite, Marie a poursuivie a la maitrise en Statistique (UQAM) dans le même domaine, puis au doctorat (Oxford), toujours dans le même domaine.


. "généalogie" .

Vous pouvez consulter ma "généalogie" sur Mathematics Genealogy Project. Vous trouverez des noms biens connus, comme Andrei Andreyevich Markov (University of St. Petersburg, 1884), Pafnuty Lvovich Chebyshev (University of St. Petersburg, 1849), Carl Friedrich Gauß (Universität Helmstedt, 1799), Simeon Denis Poisson (école Polytechnique), Joseph Louis Lagrange, Leonhard Euler (Universität Basel, 1726), Johann Bernoulli (Universität Basel, 1694), Jacob Bernoulli (Universität Basel 1684).