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Introduction à la statistique génétique
MAT898B


. Objectifs


Ce cours vise la découverte des modèles et méthodes utilisées en statistique génétique. Le cours favorisera une vue globale de la statistique génétique plutôt qu'une étude détaillée de quelques points choisis.

. Thèmes proposés



1 Introduction au vocabulaire génétique. Aperçu des designs d'études utilisés pour identifier les facteurs génétiques influençant un caractère. Présentation brève des outils et méthodes utilisés fréquemment en statistique génétique: méthodes bayésiennes, méthodes de Monte Carlo (MCMC et échantillonnage d'importance), algorithme EM, tests de permutation. Étude des statistiques usuelles couramment utilisées, comme les coefficients d'apparentement.

2 Étude des méthodes et algorithmes de linkage (sur des arbres généalogiques).

3 Étude du processus de coalescence et ses nombreuses applications en statistique génétique, ainsi que ses extensions, comme le graphe de recombinaison ancestral

4 Présentation du concept de déséquilibre de liaison, et étude des différentes méthodes et approches de cartographie fine.

5 Si le temps le permet, nous pourrions aborder des sujets divers, comme les phylogénies, les traits quantitatifs (QTL), les tests de paternité et les méthodes d'haplotypage.

. Quelques ouvrages de référence


  • Handbook of Statistical Genetics, by D. J. Balding, Chris Cannings and Martin Bishop (Editors), Wiley. (ISBN: 0471860948)
  • Gene Genealogies, Variation And Evolution: A Primer in Coalescent Theory, by Jotun Hein, Mikkel H. Schierup, Carsten Wiuf, Oxford University Press (ISBN: 0198529961)